第二代发酵技术(人工渥堆发酵)，是目前普洱茶行业仍在普遍使用的发酵工艺，它的缺陷是熟茶的口感、品质稳定性等方面完全依赖有经验的发酵师傅，并且对发酵环境的稳定要求很高。
渥堆发酵
我们知道，发酵是多种微生物参与的过程，有经验的发酵师傅之所以能做出好喝而且品质稳定的熟茶，正是因为他们善于控制好微生物的生长环境，增加有益菌的种群和数量，抑制有害菌的繁殖。
近年的研究证明，熟茶具有很多健康作用，而某种健康物质是在一种或几种有益菌作用下产生的。
所以开展微生物研究是提高熟茶品质，提升熟茶健康价值的必经之路。
首次提出“微生物发酵法”
2006年，万红扬科技普洱公司提供资金支持，和国家自然科学基金会普洱茶项目组合作，展开了普洱茶菌株研究。
2009年由周红杰教授为代表，在《利用微生物提高普洱茶品质》的课题成果报告会上，首次提出了“微生物发酵法”的新一代发酵工艺，并于2010年获得了能产生天然他汀的一个菌株的发明专利，2011年，万红扬公司利用“微生物固态定向发酵技术”，首次在发酵中接种专利菌株生产出相应产品。
益菌普洱当时叫LVTP普洱
大益作为普洱茶的龙头企业，从2013年开始也进行了相关研究，相继从勐海茶厂发酵池中获得两个菌株。2016年3月大益提出了“第三代智能发酵技术”的概念，2019年首款相应产品“益元素A方”上市。
无论是较早开始研发的万红扬公司提出的“微生物固态定向发酵”，还是普洱茶行业翘楚——大益集团提出“微生物智能发酵”，都可以通称为“微生物发酵法”，即第三代发酵技术。
相比第二代发酵技术，第三代发酵技术生产的熟茶有以下优点:
一，接种有益菌种有利于快速抑制有害菌繁殖，熟茶更干净安全，口感更纯正，茶汤有明显舒适的“菌香”，增加了熟茶的品饮价值；
二，发酵中有益菌种成为优势菌群，产生了更多的有益物质，含量大幅增加，提高了熟茶的健康价值；
三，第三代发酵技术涉及到专利菌株和技术，只有极少数茶叶企业能常握，容易形成“技术壁垒”，获得发展优势。
微生物研究耗时费力，单是一个菌株的研发就需要大量资金和人力，历经数年时间才能出成果，也就是说“有钱还要有时间”。
